Devinck, Aurélie; Boutet, Émilie; Ouellet, Jonathan et Perreault, Jonathan . Développement du Shifted-Reverse PolyAcrylamide Gel Electrophoresis (SR-PAGE) pour la découverte de nouveaux riboswitchs. In: Congrès Armand-Frappier 2017 (10e édition), 9-11 novembre 2017, Orford (Québec).
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Au cours des dernières décennies, de nouvelles classes d’ARN ont été découvertes ne comprenant pas d’informations destinées à la synthèse de protéines, mais ayant une fonction régulatrice, il s’agit des ARN noncodants. Ceux-ci peuvent être classés en ARN anti-sens, petits ARN régulateurs et riboswitchs. Ces derniers seront l’objet principal de mes recherches lors de ma maitrise. Les riboswitchs sont des molécules d’ARN le plus souvent retrouvées dans les régions 5′ non-traduites (Untranslated Region, UTR) des ARNm. Ils sont composés d’un aptamère qui a la capacité de lier spécifiquement un ligand et d’une plateforme d’expression permettant le changement de conformation du motif et ainsi jouer son rôle de régulateur. La méthode actuelle pour la découverte de nouveaux riboswitchs est basée sur des analyses bioinformatiques, cependant cette méthode présente plusieurs limites telles une mauvaise annotation des gènes ou l’omission de certains motifs étant donné leur simplicité. Pour ces raisons, nous développons une technique unique au sein de notre laboratoire: le Shifted-Reverse PolyAcrylamide Gel Electrophoresis (SR-PAGE), une méthode basée sur la caractéristique des riboswitchs à changer de conformation en présence de leur ligand pour provoquer une différence de migration dans un gel de polyacrylamide natif. Pour réaliser cela nous allons utiliser différents ligands qui seront testés sur des librairies d’ARN produites à partir d’ADN génomique bactériens et eucaryotes, mais aussi à partir de métagénomes comme le microbiome intestinal humain et des boues d’épuration. Les ligands potentiels qui seront utilisés pour la sélection de nouveaux riboswitchs seront le zinc, le cobalt et le nickel, des éléments associés à la pollution métallique qui sont toxiques en concentrations élevées, mais qui sont néanmoins essentiels et nécessitent donc une régulation stricte. Nous allons également testés des seconds messagers comme l’AMPc et le GMPc qui sont des régulateurs très importants dans la cellule.
| Type de document: | Document issu d'une conférence ou d'un atelier |
|---|---|
| Mots-clés libres: | - |
| Centre: | Centre INRS-Institut Armand Frappier |
| Date de dépôt: | 16 déc. 2019 20:57 |
| Dernière modification: | 16 déc. 2019 20:57 |
| URI: | https://espace.inrs.ca/id/eprint/8246 |
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