Comparaison génomique de souches du virus de la diarrhée virale bovine- A) Région codant pour la p125- B) Région 5' non-codante

Pellerin, Charles (1994). Comparaison génomique de souches du virus de la diarrhée virale bovine- A) Région codant pour la p125- B) Région 5' non-codante Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 224 p.

Prévisualisation

PDF - Version publiée Télécharger (66MB) | Prévisualisation

Résumé

En se basant sur leur effet en culture cellulaire, les souches du virus de la diarrhée virale bovine (BVDV) peuvent être divisées en deux biotypes: cytopathogène(CP) et non-cytopathogène (NCP). L'importance de cette distinction se situe au niveau de la pathogénèse de la maladie des muqueuses (MD), une maladie fatale pour l'animal atteint. En effet, le passage d'une souche NCP en souche CP est à l'origine de la MD. Jusqu'à présent, le seul moyen moléculaire de différencier une souche NCP d'une souche CP est la présence, chez cette dernière, d'une protéine de 80 kDa (p80) contrairement aux souches NCP qui ne produisent que la p125, le précurseur de la p80. Jusqu'à maintenant, les souches CP étudiées au niveau des séquences de la p125 ont révélé divers réarrangements conduisant à la production de la p80. Toutefois, certaines souches CP ne semblent pas contenir de réarrangements génomiques importants au niveau du gène codant pour la p125. Ainsi, des mutations ponctuelles au niveau de la p125, ou encore des réarrangements mineurs (délétions et/ou insertions) imperceptibles sans l'analyse détaillée du génome, pourraient potentiellement expliquer l'origine de la p80 chez ces souches. Dans la première partie du projet, la région codant pour la p125 (p54/p80) de deux de ces souches CP intéressantes (Singer et Oregon) et de deux souches NCP(Draper et NY -1) fut amplifiée au moyen de la réaction de polymérase en chaîne (PCR), clonée et séquencée. La séquence en acides aminés de la p125 fut ensuite déduite. Mis à part l'insertion connue de 4 acides aminés retrouvée chez la souche NY -1, aucune déletion ou insertion ne fut rencontrée au niveau de la région amplifiée des autres souches. Cependant, en considérant chacun des résidus d'acides aminés un à un, six différencient les souches Oregon et Singer des souches NCP. Tous ces résidus particuliers se situent au niveau de la portion de la p125 correspondant à la p54. Ceci suggère donc que l'activité protéase de la p80, qui pourrait être responsable du clivage de la p125 en p54 et p80, n'est pas modifiée directement chez les souches CP ne possédant aucun réarrangement. Par contre, il est possible qu'une modification de la p54, ou celle d'un cofacteur hypothétique de la p80, entraîne le clivage de la p125. Du côté de la p54, il est difficile d'attribuer avec certitude une importance quelconque aux six substitutions spécifiques notées car (i) aucun rôle ou domaine de la p54 n'est encore démontré expérimentalement et (ii) beaucoup d'autres mutations sont rencontrées au niveau de la p54; ces mutations ne différencient pas spécifiquement les souches Oregon et Singer des souches NCP, mais pourraient être aussi importantes. D'autre part, l'analyse des séquences nucléotidiques de la p125 des différentes souches permet de confirmer, sur un plus grand nombre de souches, que la région codant pour la p54 est une région très variable contrairement à celle codant pour la p80. Il a été également possible de discerner deux groupes génomiques de BVDV: le groupe la(incluant les souches NADL, Singer, Oregon et SD-1) et le groupe lb (incluant les souches Osloss, Draper et NY-1). Au niveau de la région codant pour la p54, l'homologie moyenne entre les souches des deux groupes est de 77.3% tandis qu'entre les souches d'un même groupe, elle est de 88.0% (la) et de 91.6% (lb). Dans la seconde partie du projet, des nouvelles souches de BVDV ayant causé un taux élevé de mortalité associé à des épidémies au Québec en 1993 ont été identifiées. Ces souches furent caractérisées au niveau de la région 5' non-codante (S'UTR) de leur génome. La comparaison des séquences obtenues avec celle des souches de BVDV classiques démontrent clairement que les souches épidémiques forment un groupe distinct de BVDV. En effet, l'homologie moyenne entre les souches classiques (groupe 1) et les souches épidémiques (groupe II) est inférieure à 75%, tandis qu'elle est supérieure à 90% entre les souches d'un même groupe. Dans le cas du groupe 1, il est possible de subdiviser les souches en deux sous-groupes (la et lb). Les souches membres de l'un ou l' autre de ces sous-groupes sont aussi membres du même sous-groupe quant à leur séquence au niveau de la région codant pour la p125. Ainsi, les groupes la, lb et II pourraient bien représenter la vraie classification génomique des souches du BVDV. Deng et Brock (1993) ont suggéré que la 5'UTR du BVDV représenterait un site interne d'entrée des ribosomes permettant l'initiation de la traduction par un mécanisme indépendant de la coiffe. Comme les structures secondaires de la 5'UTR seraient essentielles pour assurer ce rôle, nous avons regardé si elles ne pouvaient pas être modifiées chez les souches du groupe II étant donné la différence de 25% qui existe au niveau des séquences de leur 5'UTR par rapport à celle du groupe 1. L'analyse a démontré que les structures secondaires étaient très bien conservées autant dans un groupe que dans l'autre. Ceci indique la présence d'une forte pression évolutive dans le but de maintenir les structures secondaires et suggère l'importance majeure de la 5'UTR dans le cycle du BVDV. Toutefois, si les structures secondaires sont d'apparences similaires entre les deux groupes, la stabilité de ces structures ne l'est pas. En effet, les structures des souches du groupe II sont en moyenne beaucoup plus stables que celles du groupe 1. Cette stabilité accrue et/ou les différences nucléotidiques pourraient avoir un lien avec la virulence marquée des souches épidémiques.

Type de document:	Thèse Mémoire
Directeur de mémoire/thèse:	Lecomte, Catherine
Co-directeurs de mémoire/thèse:	Tijssen, Peter
Mots-clés libres:	-
Centre:	Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt:	08 sept. 2018 21:57
Dernière modification:	19 mai 2023 18:55
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/7564

Gestion Actions (Identification requise)

Modifier la notice