Études des variations génomiques entre différentes souches du virus de la nécrose pancréatique infectieuse (VNPI)

Heppel, Joël (1995). Études des variations génomiques entre différentes souches du virus de la nécrose pancréatique infectieuse (VNPI) Thèse. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 183 p.

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Résumé

Le virus de la nécrose pancréatique infectieuse (VNPI) est un pathogène très commun dans les élevages de poissons. Bien qu'il soit surtout associé aux salmonidés chez lesquels il peut être responsable d'un taux de mortalité très élevé des alevins, le VNPI a aussi été isolé dans plusieurs autres familles de poissons à travers le monde. Ce virus est classé dans la famille Birnaviridae et son génome est constitué de deux segments d'ARN bicaténaire linéaire. Le plus grand des deux, nommé segment A, code pour les protéines structurales du virus et serait responsable de certaines variations phénotypiques observées entre les souches du VNPI. Des études sérologiques ont aussi démontré une grande hétérogénéité antigénique chez cet agent pathogène mais jusqu'à présent aucune étude détaillée ne s'est attardée sur la variabilité génomique. Dans le but d'établir une classification génétique et de localiser les régions du segment A qui pourraient être responsables des variations phénotypiques et antigéniques du VNPI, nous avons comparé 37 souches virales. Pour chacune d'elles, un fragment de 310 pb a été amplifié par PCR, puis digéré de façon séquentielle par cinq enzymes de restriction. Sur la base des profils de restriction obtenus, 17 souches ont été sélectionnées et séquencées au niveau du même fragment. L'analyse comparative des séquences obtenues et de celles publiées préalablement a permis de classer les souches en trois génogroupes majeurs. Cinq souches représentatives des variations observées ont ensuite été séquencées dans la région comprise entre l'extrémité 5' du brin positif du segment A et l'extrémité 3' de la portion du génome qui code pour la protéine majeure de la capside, la VP2 (nucléotides 1 à 1737 d'après la séquence publiée de la souche Jasper). La comparaison des séquences en acides aminés déduites des ADN complémentaires a révélé la présence d'un domaine variable au centre de la protéine qui contient deux petites régions hydrophiles et hypervariables. L'expression chez Escherichia coli de diverses portions de la VP2 d'une souche du VNPI, de même que la sélection et le séquençage de trois mutants du même virus qui échappent à la neutralisation par des anticorps monoclonaux (AMC), ont permis de localiser les principaux épitopes sur la séquence primaire de la protéine. Les deux sections hypervariables semblent impliquées dans la formation d'un déterminant antigénique discontinu reconnu par des AMC neutralisants, alors que les autres anticorps se sont fixés sur des sites adjacents à l'intérieur du domaine variable ou à proximité. Les cinq souches virales sélectionnées précédemment ont ensuite été comparées au niveau de la portion non codante de l'extrémité 5' ainsi qu'au niveau d'un petit cadre ouvert de lecture chevauchant partiellement celui de la VP2 et pouvant coder pour une protéine de 17 kDa nommée VPS. Alors que la partie non codante du génome est apparue très bien conservée entre les souches, les divergences étaient très importantes au niveau du cadre de lecture de la VPS. Par ailleurs, ce dernier était absent dans une des souches virales alors qu'il était tronqué dans deux autres. Néanmoins, à l'aide d'un antisérum monospécifique, il a été possible de détecter la VPS dans les cellules infectées par une souche de VNPI contenant le cadre de lecture en entier. Les différences importantes observées au niveau de la région qui code pour la VPS pourraient être à l'origine de certaines variations phénotypiques entre les souches virales. Quant à la diversité antigénique, elle semble surtout reliée à la région centrale de la VP2 qui est la portion la plus variable de la protéine et la principale cible des anticorps. Ce domaine pourrait être suffisant pour induire une réponse immunitaire protectrice chez les poissons, pourvu que la chaîne polypeptidique se replie correctement.

Type de document:	Thèse Thèse
Directeur de mémoire/thèse:	Arella, Maximilien
Co-directeurs de mémoire/thèse:	Berthiaume, Laurent
Mots-clés libres:	-
Centre:	Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt:	20 févr. 2019 16:15
Dernière modification:	05 mai 2023 18:26
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/7543

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