Étude de l'importance fonctionnelle du mouvement de type "thumb-loop" chez la xylanase B

Nguyen-Thi, Nhung et Doucet, Nicolas . Étude de l'importance fonctionnelle du mouvement de type "thumb-loop" chez la xylanase B In: 8e édition, Congrès Armand-Frappier 2013, 14-16 novembre 2013, Orford (Québec).

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Résumé

Les xylanases sont impliquées dans la dégradation de l'hétéroxylane (hémicellulose), l'un des principaux composants des parois cellulaires végétales. Ces enzymes forment un groupe de biocatalyseurs hautement homologues et présentant une structure conservée de type "β-jelly-roll". Les structures cristallines et les simulations de dynamique moléculaire en présence et en absence de ligand ont démontré l'existence d'un mouvement de type "thumb-loop" à proximité du site actif, qui pourrait jouer un rôle important dans la liaison du substrat et/ou de la catalyse enzymatique. La présente étude décrit l'attribution des résonances ainsi que des expériences de dispersion de relaxation RMN associées à l'étude de la dynamique chez la xylanase B (XlnB) de Streptomyces lividans dans sa forme libre et liée. Nos données 15N-CPMG démontrent que les motions moléculaires à l'échelle de temps de la catalyse enzymatique se localisent principalement aux extrémités (brins β2, β3, β4), qui forment le site catalytique. Étonnamment, aucun mouvement à l’échelle de temps de la milliseconde n'est observé sur la "thumb-loop" ou dans son environnement immédiat. Alors que la liaison du xylobiose démontre l'importance des résidus "thumb-loop" dans la reconnaissance du ligand, la flexibilité de ce motif spécifique ne semble pas jouer un rôle important dans l’événement catalytique. Toutefois, nos résultats démontrent la présence d’un échange conformationnel aux extrémités, notamment sur l’un des murs du site actif de la XlnB, suggérant l’existence d’un mouvement de « pincement » dans la structure. Nos données 15N-CPMG indiquent des mouvements très similaires pour l'enzyme libre et liée, ce qui suggère que le comportement dynamique de l'enzyme permet l’échantillonnage de la forme liée minoritaire même en absence de ligand, supportant le modèle de sélection conformationnelle.

Type de document:	Document issu d'une conférence ou d'un atelier
Informations complémentaires:	Présentation par affiche
Mots-clés libres:	-
Centre:	Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt:	05 janv. 2018 16:05
Dernière modification:	25 oct. 2023 15:30
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/6205

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