Identification, caractérisation et distribution phylogénétique du fimbriae IR chez Escherichia coli.

Lymberopoulos, Maria (2004). Identification, caractérisation et distribution phylogénétique du fimbriae IR chez Escherichia coli. Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 109 p.

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Résumé

Escherichia coli est une bactérie qui fait partie de la flore normale de la majorité des animaux. Par contre, plusieurs souches sont capables de causer des maladies, nommées colibaci11oses, chez différents hôtes. Les E. coli pathogènes sont responsables d'une variété d'infections intestinales et extra-intestinales. Les infections causées parE. coli sont responsables de grandes pertes économiques pour 1'industrie avicole. La dualité de cette bactérie, c'est-à-dire la présence de souches pathogènes et de souches non­ pathogènes, nous permet d'identifier des facteurs de virulence qui permettent aux souches pathogènes de coloniser et se propager chez 1'hôte. Plusieurs gènes présents chez la souche E. coli pathogène aviaire x7I22 (078: K80: H9) et qui ne se retrouvent pas chez la souche E. coli K-12 x.289, des gènes dits pathogène spécifiques, sont transcrits in vivo dans des tissus de poulets lors de 1'infection (36). Six des séquences, nommées ecs, ont été choisies afin de vérifier la présence de celles-ci chez une variété de souches de E. coli. La méthode du PCR multiplex a été choisie à cause de sa rapidité, sa simplicité d'utilisation ainsi que sa spécificité. Une de ces séquences, ayant de 1'homologie avec plusieurs gènes codant pour des « ushers » de fimbriae putatifs, a été choisie pour sa caractérisation antérieure. L'objectif de cette étude était de caractériser ce nouveau fimbriae et de déterminer sa prévalence parmi des souches de E. coli provenant d'une variété de sources et causant diverses maladies. La région génomique contenant cette séquence a été séquencée à 1'aide du transposon Tn5seq1. Un groupe de quatre gènes putatifs démontrant de l'homologie avec plusieurs opérons fimbriaires a été identifié. Ce groupe de gènes, nommé irfABCD pour « iron-regulated fimbriae », était homologue aux «long polar fimbriae » (LPF) de S.typhimurium et de E. coli 0157:H7 ainsi que Lpfom identifié chezE. coli 0113:H- (7,33, 159). irf semble faire partie d'un groupe distinct de gènes fimbriaires localisés dans la région intergénique entre les gènes conservés glmS et pstS. Dans le même groupe on retrouve lpfou3, stg de Salmonella enterica serovar Typhi et 1'îlot 154 de la souche EDL933 de E. coli 0157:H7. Les séquences irf sont distribuées de manière phylogénétique parmi les souches de la co1lection ECOR et des souches provenant d'infections du tractus urinaire. On retrouve surtout les séquences irfdans les souches des groupes phylogénétiques B1 et D et ces séquences ne se retrouvent jamais dans les souches faisant partie du groupe phylogénétique B2. De plus, irf est associé aux souches APEC plutôt qu'aux souches provenant des fèces de poulets sains et ces séquences sont féquemment retrouvées chez les souches APEC de sérotype 078. La présence des séquences ùf ont contribué à l'adhérence de la souche ORN103, qui nonnalement ne produit pas de fimbriae, à des cellules épithéliales humaines de la vessie et de 1 'intestin. Cette même souche contenant ilfABCD était plus adhérente à des tissus aviaires du poumon et de la trachée que celle-ci sans ces séquences. Sous Je contrôle du promoteur pBAD, les fimbriae Irf ont été visualisés par microscopie électronique. Des essais de régulation transcriptionnelle ont démontré que l'expression de ir/ est supérieure dans un milieu minimal et que la source de carbone peut jouer un rôle dans son expression. En plus, la quantité de fer ainsi que Je régulateur global Fur semble affecter la régulation de 1'expression de irf

Type de document:	Thèse Mémoire
Directeur de mémoire/thèse:	Dozois, Charles M.
Mots-clés libres:	bacterie ; bimbriae ; ir ; escherichia coli
Centre:	Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt:	16 déc. 2013 19:31
Dernière modification:	16 déc. 2015 21:28
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/1865

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