Daoud, Kamar (2024). Caractérisation d’aptamères pour la détection de composés hydrophobes dérivés de drogues Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en Microbiologie Appliquée, 99 p.
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Les aptamères, des oligonucléotides identifiés via un processus de sélection in vitro appelé
Évolution Systématique des Ligands par Enrichissement Exponentiel (SELEX), proviennent de
banques de séquences aléatoires. La caractéristique principale de ces aptamères réside dans
leur affinité et leur sélectivité envers des cibles spécifiques. En conséquence, ils sont
considérés comme des outils biochimiques pouvant être exploités dans des applications
biotechnologiques, diagnostiques ou thérapeutiques, en fonction de la cible qu'ils visent.
L'objectif initial de cette étude était d'appliquer l'approche du SELEX pour identifier de nouveaux
aptamères à partir de deux librairies d'acides nucléiques différentes. Ces librairies sont
employées dans le cadre d'un SELEX pour détecter une petite molécule hydrophobe dérivée de
la cocaïne.
Pour obtenir ces nouveaux aptamères potentiels, plusieurs générations de sélection ont été
ajoutées à une librairie classique et à une librairie modifiée par chimie click. Ensuite, une
analyse par séquençage haut débit a été effectuée.
L'étude a porté sur l'affinité des séquences d'aptamères potentielles sélectionnées, ainsi que
d'un aptamère déjà identifié, à partir des librairies standard et modifiée. De plus, leur capacité à
lier leur ligand à l'état volatil a été évaluée, principalement à l'aide du Monolith NT.115.
Par la même approche, l'affinité et la spécificité d'un aptamère déjà publié contre le THC ont été
examinées. Nos résultats révèlent une faible affinité des séquences sélectionnées pour le
méthylbenzoate, suggérant que cette molécule pourrait interagir avec l'ADN de façon générale.
Aptamers are oligonucleotides identified through a combinatorial process of in vitro selection
called systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) from librariesof
random sequences. The main characteristic of these identified molecules (aptamers) is their
affinity and selectivity towards their targets. It is for these reasons that aptamers are considered
to be biochemical tools that can be exploited in biotechnological, diagnostic or therapeutic
applications depending on the target against which they are directed.
During my master, the initial bjective wasto use the SELEX approachin order to identify new
aptamers from two different nucleic acid libraries used in a previous SELEX for the detection of
a small hydrophobic molecule derived from cocaine.
We were able to add several generations of selection to a classic library and a library modified
by click chemistry, which we sent for sequencing.
In parallel, we studied the affinity (determine the dissociation constant, KD) of an aptamer
identified from the modified library and its ability to bind its ligand in the volatile state, as well as
for several others via the Monolith NT.115.
By the same method we studied the affinity and specificity of an aptamer, already published,
against THC. Our results reveal a weak affinity of selected sequences to methylbenzoate, which
we found can interact with DNA in general.
| Type de document: | Thèse Mémoire |
|---|---|
| Directeur de mémoire/thèse: | Perreault, Jonathan |
| Mots-clés libres: | Methyl benzoate; THC; Aptamère; Aptamer; Monolith NT.115; SELEX; |
| Centre: | Centre INRS-Institut Armand Frappier |
| Date de dépôt: | 07 nov. 2024 20:55 |
| Dernière modification: | 07 nov. 2024 20:55 |
| URI: | https://espace.inrs.ca/id/eprint/16155 |
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