Étude du rôle du régulateur transcriptionnel ScmR et de la protéine HmqE chez Burkholderia thailandensis

Desaulniers, Gabrielle (2023). Étude du rôle du régulateur transcriptionnel ScmR et de la protéine HmqE chez Burkholderia thailandensis Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en Microbiologie Appliquée, 99 p.

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Résumé

ScmR est un régulateur transcriptionnel de type LysR (LysR-Type Transcriptional Regulator; LTTR) retrouvé chez la bactérie Burkholderia thailandensis. Ce régulateur affecte plusieurs fonctions, dont la production de métabolites secondaires et serait impliqué dans la régulation des communications intercellulaires (quorum sensing) chez cette bactérie. Cependant, les gènes directement contrôlés par ce régulateur restent inconnus. Alors que B. thailandensis n’est pas pathogène (du moins pour les mammifères), ScmR est également présent chez l’espèce phylogénétiquement très apparentée mais pathogène Burkholderia pseudomallei, une bactérie pouvant causer la mélioïdose, une maladie humaine grave. Le but de cette étude était de spécifier la fonction de ScmR en identifiant les cibles directes de ce régulateur à l’aide de la méthode d’immunoprécipitation de la chromatine couplée au séquençage (ChIP-Seq) et d’identifier quel serait son ligand. Ce projet visait également à en apprendre plus sur une de ces cibles, l’opéron hmqABCDEFG responsable de la biosynthèse des 4-hydroxy-3-methyl-2-alkylquinolines (HMAQ), une famille de molécules suspectée d’être impliquée dans la virulence de cette bactérie et qui est également produite par le pathogène B. pseudomallei. Pour ce faire, j’ai réalisé et caractérisé un mutant du gène hmqE dont la fonction n’avait pas été étudiée précédemment.

ScmR is a LysR-type transcriptional regulator (LTTR) found in the bacterium Burkholderia thailandensis. This regulator affects several functions, including the production of secondary metabolites and is thought to be involved in the regulation of intercellular communications (quorum sensing) in this bacterium. However, the genes directly controlled by this regulator remain unknown. While B. thailandensis is not pathogenic (at least for mammals), ScmR is also present in the phylogenetically closely related but pathogenic species Burkholderia pseudomallei, a bacterium that can cause melioidosis, a serious human disease. The aim of this study is to specify the function of ScmR by identifying which are the direct targets of this regulator using the method of chromatin immunoprecipitation coupled to sequencing (ChIP-Seq) and to identify what would be its ligand. This project also aimed to learn more about one of its targets, the hmqABCDEFG operon responsible for the biosynthesis of 4-hydroxy-3-methyl-2-alkylquinolines (HMAQ), a family of molecules suspected of being involved in the virulence of this bacterium and which is also produced by the pathogen B. pseudomallei. To do this, I realized and characterized a mutant of the hmqE gene whose function had not been previously studied. Keywords

Type de document:	Thèse Mémoire
Directeur de mémoire/thèse:	Déziel, Éric
Mots-clés libres:	Burkholderia thailandensis; quorum sensing; ScmR; régulateur transcriptionnel de type LysR; immunoprécipitation de la chromatine liée au séquençage; opéron hmqABCDEFG; HmqE; 4-hydroxy-3-methyl-2-alkylquinolines; LysR type transcriptional regulator; chromatin immunoprecipitation sequencing; hmqABCDEFG operon; HmqE; 4-hydroxy-3-methyl-2-alkylquinolines
Centre:	Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt:	09 juill. 2024 15:34
Dernière modification:	09 juill. 2024 15:34
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/15800

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