Création de novo de librairies dégénérées de grande taille

Loranger, Philip (2022). Création de novo de librairies dégénérées de grande taille Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en Microbiologie Appliquée, 92 p.

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Résumé

Les aptamères sont des séquences, généralement courtes, d’oligonucléotides se liant avec grande affinité à une molécule cible. Les aptamères sont sélectionnés par un processus appelé Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX), où une grande librairie de séquences d’ADN aléatoires est exposée à un ligand d’intérêt. Cette librairie diversifiée provient typiquement d’un fournisseur commercial qui la synthétise chimiquement. Dans la majorité des cas, la longueur des oligonucléotides ne dépasse pas plus de 100 bases dues à une importante baisse de rendement associé à la synthèse de longs oligonucléotides. Malgré cette contrainte, des librairies contenant de longs ADN pourraient être bénéfiques dû à une plus grande diversité et complexité de structures. De longues librairies ont donc été synthétisées par façon enzymatique, puis ont été testées en parallèle à de courtes librairies lors d’un SELEX. Bien qu’aucun aptamère n'a été trouvé, deux nouvelles méthodes de synthèse de librairies à longue région aléatoire amplifiable par PCR ont été explorées. La première utilise la terminale transférase afin de synthétiser de novo une longue séquence dégénérée. La deuxième emploie la T4 ARN ligase 1 afin de joindre des ADN simple-brin dégénérés successivement. Cela ajoute des outils de plus à l'arsenal de la biologie moléculaire.

Aptamers are short oligonucleotides that bind targets with high affinity. They are selected by Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX), where sequences interacting with a target are gradually enriched from a large library pool. Libraries are usually ordered from commercial providers and chemically synthesized. Commercial oligonucleotides typically do not reach above 100 bases in length since an increase in size is associated with greatly reduced production yields. However, long random libraries could be beneficial since lengthy sequences have more complex structures. Long libraries were thus enzymatically synthesized to compare them with classical short libraries through SELEX. Even though no aptamers were found, two novel methods have been explored to synthesize PCR amplifiable libraries with long random regions. The first uses terminal transferase to synthesize de novo a long random region. The second uses T4 RNA ligase 1 to ligate random single-stranded DNA successively. These new tools could prove useful in the molecular biology arsenal.

Type de document:	Thèse Mémoire
Directeur de mémoire/thèse:	Perreault, Jonathan
Mots-clés libres:	terminale transférase (TdT); T4 ARN ligase 1; librairie dégénérée; longue librairie; concatémère; ligation simple-brin; riboqueue; adaptateur; librairie de novo; polymérisation sans matrice; terminal transferase (TdT); T4 RNA ligase 1; random library; lengthy library; concatamer; single-stranded ligation; ribotail; adaptor; de novo library; template-independant polymerization
Centre:	Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt:	02 juill. 2024 13:55
Dernière modification:	02 juill. 2024 13:55
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/15749

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