Sélection d’aptamères avec un grand changement de conformation

Lahmar, Amal (2022). Sélection d’aptamères avec un grand changement de conformation Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en Microbiologie Appliquée, 109 p.

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Résumé

Les aptamères sont des oligonucléotides d’ADN ou ARN sélectionnés in vitro pour reconnaître leur molécule cible avec une affinité et une spécificité élevée. Ces aptamères peuvent être subdivisés en deux classes, selon qu’ils changent ou non de conformation (c’est-à-dire qu’ils agissent comme « switch ») au contact du ligand. Les aptamères « switch » peuvent être mieux utilisés comme biocapteurs en utilisant le changement de conformation pour produire un signal. Pour sélectionner de tels aptamères, nous avons conçu une librairie comportant ≃ 3000 séquences à partir de la base de données apta-index qu’on a modifiées pour forcer un changement de conformation. L’approche SELEX (évolution systématique de ligands par enrichissement exponentiel) a été utilisée pour sélectionner les aptamères dont le contact des ligands produisait un changement de conformation, deux méthodologies ont été explorées. 1- La méthode de SELEX de capture qui est basée sur l’immobilisation de la librairie sur un support solide via un oligonucléotide de capture. 2- La méthode de SR-PAGE (Shifted Reverse-PolyAcrylamide Gel Electrophoresis) qui est basée le changement de migration dans un gel de polyacrylamide natif.

La librairie a été préparée et la fonctionnalisation des billes a été faite. La sélection par capture a ensuite été effectuée pour 11 ligands en parallèle pour quatre cycles de SELEX de capture en utilisant les billes magnétiques, et nous avons pu observer une évolution de l’enrichissement du SELEX et sélectionner une séquence potentielle suite au séquençage.

Aptamers are DNA or RNA oligonucleotides selected in vitro to recognize their target molecule with high affinity and specificity. These aptamers can be subdivided into two classes, depending on whether or not they change conformation (it means acting as a "switch") on contact with the ligand. Switching aptamers can be better used as biosensors by using the change in conformation to produce a signal. To select such aptamers, we designed a library of 3000 sequences from the apta-index database which we modified to force a "switch". The SELEX approach (systematic evolution of ligands by exponential enrichment) was used to select aptamers whose contact with ligands produced a change in the conformation, two methodologies were explored. 1-The capture SELEX method which is based on the immobilization of the library on a solid support via a capture oligonucleotide. 2- The SR-PAGE (Shifted Reverse-PolyAcrylamide Gel Electrophoresis) method which is based on the migration change in a native polyacrylamide gel.

The library was prepared and the functionalization of the beads was done. Capture selection was then performed for 11 ligands in parallel for four rounds of capture SELEX using magnetic beads, and we were able to observe an evolution of SELEX enrichment and select a potential sequence following sequencing.

Type de document:	Thèse Mémoire
Directeur de mémoire/thèse:	Perreault, Jonathan
Mots-clés libres:	Aptamère; SELEX de capture; switch; SR-PAGE; ligand; Aptamer; capture SELEX
Centre:	Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt:	02 juill. 2024 13:57
Dernière modification:	02 juill. 2024 13:57
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/15738

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