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Identification de facteurs de l’hôte dans l’épreuve de force moléculaire pour la formation et transport des usines de réplication du virus de la mosaïque du navet

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Garcia Caballinas, Daniel (2018). Identification de facteurs de l’hôte dans l’épreuve de force moléculaire pour la formation et transport des usines de réplication du virus de la mosaïque du navet Thèse. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 331 p.

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Résumé

Les virus à ARN positif (ARN+) induisent une réorganisation des membranes de certains organites de la cellule hôte pour former des compartiments de réplication virale. Ces compartiments sont formés dès les premières étapes de l’infection et prennent le nom d’usines de réplication virale. Les usines abritent tous les éléments nécessaires à la réplication virale. Le travail effectué au cours de ma thèse s’est concentré sur la compréhension des voies de transport empruntées par ces usines. Le modèle d’étude utilisé dans les travaux menés au cours de ma thèse a été le virus de la mosaïque du navet (Turnip mosaic virus(TuMV)) qui est un virus non enveloppé à ARN+ simple brin de plante (genre Potyvirus). Pour ce virus, le remodelage du réticulum endoplasmique (RE) par la protéine virale 6K2 donne naissance à des usines virales très mobiles. Pour répondre à cet objectif global, j’ai travaillé sur trois études de recherche scientifique au cours de ma thèse.

La première partie de l’étude a eu pour but de déterminer d’une part si les usines de réplication virale du TuMV entraient dans la voie de sécrétion conventionnelle des protéines et d’autres par de connaître les trajectoires intracellulaires empruntées. L’étude de plusieurs mutants de la protéine 6K2 qui ont été faits par mutagenèse dirigée et l’emploi de divers moyens de blocage du transport des protéines entre le RE et l’appareil de Golgi, ont permis de répondre à une première partie de l’objectif, en dévoilant l’existence de voies alternatives. La deuxième partie de l’objectif a eu pour but de déterminer les potentielles destinations cellulaires des usines virales, pour ce faire, des protéines SNARE (Soluble N-éthylmaleimide-sensitive-factor Attachment protein REceptor ) situées dans divers compartiments ont été utilisées. Pour répondre à la deuxième partie de l’objectif des analyses complémentaires ont été menées par microscopie confocale, par des techniques de biochimie, de biologie moléculaire et de génétique. Les approches suivies ont permis non seulement de caractériser le chemin intracellulaire emprunté par les usines de réplication virale, mais aussi d’identifier des protéines de l’hôte essentielles à l’infection virale. Cette partie sera développée dans le chapitre 3.

La deuxième partie de l’étude a eu pour objectif de dévoiler les différents types cellulaires colonisés par les usines de réplication du TuMV, avec une particulière attention sur les vaisseaux vasculaires de la plante. Pour ce faire, des observations de coupes histologiques ont été effectuées d’une part par microscopie électronique à transmission et d’autres part par microscopie confocale suite à un marquage par immunofluorescence. Les analyses de microscopie ont été combinées à des caractérisations biochimiques de sève. Cette partie sera exposée en détail dans l’Annexe A.

Enfin, une troisième partie de l’étude a voulu exploiter les informations découvertes dans les deux premières parties pour mieux comprendre l’origine des usines de réplication virale présentes dans les vaisseaux vasculaires en continuité avec le milieu extracellulaire. La stratégie menée a eu pour but de caractériser les vésicules extracellulaires par microscopie électronique à transmission, par microscopie confocale et par des analyses protéomiques. Cette partie sera plus amplement présentée dans le chapitre 4.

Ainsi, les résultats qui sont présentés tout au long de ma thèse, ont permis d’avoir une meilleure compréhension sur les routes cellulaires, vasculaires et extracellulaires empruntées par les usines virales du TuMV. De plus, les usines de réplication virale du TuMV interviennent dans quasiment toutes les étapes du cycle viral du TuMV. Dans ce contexte, les résultats obtenus durant ma thèse soulignent l’importance de l’attention qui devrait être portée à l’étude des usines de réplication virale du TuMV et par extension à celles d’autres virus à ARN+, afin d’identifier de nouvelles cibles de résistance ou de traitement.

Type de document: Thèse Thèse
Directeur de mémoire/thèse: Laliberté, Jean-François
Mots-clés libres: -
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 08 sept. 2018 21:45
Dernière modification: 08 sept. 2018 21:45
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/7569

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