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Échanges conformationnels subits par la xylanase B2 de Streptomyces lividans dans sa forme libre et liée

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Nguyen, Thi Tuyet Nhung; Gagné, Donald; Roux, Louise D.; Couture, Jean-François; Agarwal, Pratul K; Doucet, Nicolas . Échanges conformationnels subits par la xylanase B2 de Streptomyces lividans dans sa forme libre et liée In: 9e édition, Congrès Armand-Frappier 2015, 12-14 novembre 2015, Orford (Québec).

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Résumé

Les xylanases catalysent l’hydrolyse du xylane, une source de carbone très abondante à fort potentiel commercial. Les efforts continus consacrés à l’amélioration catalytique de ces enzymes ont été limités par le peu de connaissances de leurs propriétés moléculaires. Des études cristallographiques et de simulations de dynamique moléculaire ont suggéré que certaines xylanases GH11 comptent sur un mécanisme d’ouverture-fermeture du site actif pour remplir leur fonction catalytique, via une boucle conservée appelée « pouce ». Cependant, ces résultats ne fournissent pas d’informations dynamiques sur l’échelle de temps de la catalyse, c’est-à-dire de la microseconde à la milliseconde. Dans cette étude, nous avons utilisé une combinaison d’expériences de dispersion de relaxation 15N-CPMG, de mutagenèse dirigée et de titrage RMN pour étudier les mouvements de la xylanase B2 de Streptomyces lividans et son mutant non-fonctionnel (E87A) à l’échelle de temps de la catalyse. Dans la forme libre, les résidus dynamiques sont essentiellement regroupés dans les « doigts » et le sillon catalytique. Un modèle bioinformatique de dynamique moléculaire suggère que le « pouce » et les « doigts » initient un mouvement dans la direction opposée lors de la liaison des ligands, permettant à l'enzyme d’ouvrir et de fermer son site de liaison. Ce mouvement nécessite la contribution de Thr120, un résidu situé à la base du « pouce », qui agit comme une charnière. Ces résultats fournissent une preuve expérimentale qui valide le mécanisme d'ouverture-fermeture précédemment postulé et offrent de nouvelles perspectives sur le mécanisme catalytique des xylanases GH11.

Type de document: Document issu d'une conférence ou d'un atelier
Informations complémentaires: Présentation par affiche
Mots-clés libres: -
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 28 déc. 2017 13:51
Dernière modification: 28 déc. 2017 13:56
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/6418

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