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Suivi de la souche desulfitobacterium Frappieri par hybridation in situ et cytométrie en flux

Da Silva, Marie-Noël (2000). Suivi de la souche desulfitobacterium Frappieri par hybridation in situ et cytométrie en flux Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 152 p.

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Résumé

Plusieurs souches bactériennes impliquées dans la dégradation de contaminants ont été isolées par le groupe de microbiologie de l'environnement de l'INRS-Institut Armand-Frappier et sont présentement à l'étude afm de les incorporer dans des biotraitements d'effluents ou de sols contaminés. Parmi celles-ci, la souche Desu/fitobacterium frappieri PCP-1, souche bactérienne de type Gram positive anaérobe, participe à la déshalogénation du pentachlorophénol. Également, les souches Sphingomonas sp. 107 et Mycobacterium sp. Jol, ayant la capacité de transformer les hydrocarbures aromatiques polycycliques en présence d'oxygène, et la souche 6, participant à la dégradation du phénol en anaérobie, ont été utilisées dans les expériences préliminaires du travail de recherche. Le suivi des microorganismes impliqués dans la biodégradation des contaminants représente un paramètre important à considérer lors de l'application des bioprocédés. En effet, les micro-organismes sont les principaux ouvriers impliqués dans les biotraitements de dépollution. Il est donc important de s'assurer de la présence, du maintien et de l'activité des micro-organismes impliqués dans la dégradation et ainsi d'être certain que l'élimination des contaminants est reliée à l'activité biologique.

Dans ce projet de recherche, la teclmique d'hybridation in situ sera utilisée afin de détecter et d'estimer les concentrations de diverses souches bactériennes employées dans divers biotraitements. L'utilisation de sondes moléculaires d'acides nucléiques permet de détecter de façon sensible des micro-organismes spécifiques sans avoir à les cultiver. La technique d'hybridation in situ consiste en la pénétration d'oligonucléotides spécifiques au gène d'ARN 168 ribosomalliés à un fluorochrome à l'intérieur de cellules fiXées. La détection des cellules marquées par ces sondes peut s'effectuer par microscopie ou par cytofluorométrie en flux. Au cours de ce projet de maîtrise, cette technique a été appliquée en combinaison avec la cytofluorométrie en flux qui permet des analyses automatisées, quantitatives et rapides. L'application de la technique a été réalisée avec des cultures pmes de quelques souches bactériennes et plus particulièrement avec la souche D. frappieri PCP-1. Une ftxation à la parafonnaldéhyde suivie d'une pennéabilisation à l'hexadécyltrimethyl bromure d'ammonium ont permis d'obtenir les meilleurs résultats avec la souche PCP-1 en effectuant une hybridation avec une combinaison de deux sondes spécifiques (PCPI-3 et PCP1- 4 ). La technique d'hybridation in situ a été utilisée avec succès afm de suivre la souche PCP-1, en présence de trichlorophénol, en culture pure. Aussi, il a été possible de distinguer la souche PCP-1 de la microflore indigène et de suivre 1 'évolution et la concentration de la souche en présence d'un consortium méthanogène et en microcosmes, toujours en présence de trichlorophénol. Également, un milieu de culture solide permettant la culture de la souche pom la première fois en moins de 48 heures, a été développé. Les comptes bactériens obtenus par cytométrie se sont révélés inférieurs d'un facteur d'environ 10 par rapport aux comptes par unités formatrices de colonies. Bien que ces expériences aient permis l'estimation de la concentration de la souche PCP-1 en présence d'une microflore indigène, des efforts supplémentaires devront être fournis afm de faciliter la récupération des cellules à l'intérieur d'un microcosme et également de contourner les faibles signaux obtenus lorsque la population visée se retrouve en période de latence ou de faible croissance.

Type de document: Thèse Mémoire
Directeur de mémoire/thèse: Villemur, Richard
Mots-clés libres: -
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 25 oct. 2017 15:18
Dernière modification: 25 oct. 2017 15:18
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/5770

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