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Caractérisation de souches d'Escherichia coli pathogènes urinaires provenant de Guadeloupe: portrait de la diversité des facteurs de virulences présents

Maris, Ségolène (2016). Caractérisation de souches d'Escherichia coli pathogènes urinaires provenant de Guadeloupe: portrait de la diversité des facteurs de virulences présents Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 99 p.

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Résumé

Les E. coli uropathogènes (UPEC) sont responsables d’environ 80% des infections du tractus urinaire (ITUs). La diversité des souches d’UPEC ainsi que leurs facteurs de virulences peuvent varier selon la région géographique. Ces facteurs de virulence permettent à E. coli de coloniser le système urinaire.

Une évaluation de la diversité des facteurs de virulence présents parmi différentes souches, peut mener à la découverte de nouveaux clones infectieux associés à des régions géographiques spécifiques.

Comme aucune étude n’a auparavant documenté les souches UPEC provenant de la Guadeloupe, le but de notre étude a été d’effectuer un virotypage, grâce à des PCR multiplexes. Vingt-et-un facteurs de virulence ont été criblés, et le phénotype d’hémolyse sur gélose a été évalué. Le résultat du criblage de ces facteurs de virulence montre une présence importante de gènes codant des systèmes de sidérophores, mais aussi du « vacuolating autotransporter » (Vat) et des fimbriae P. On retrouve aussi un facteur de virulence spécifique aux E. coli pathogènes aviaires (APEC) : la « temperature-sensitive hemagglutinin » (Tsh), ainsi que des nouveaux facteurs de virulence précédemment découverts par notre laboratoire dans une souche APEC. Enfin, on a caractérisé de façon plus précise les souches infectant les hommes ainsi que le groupe phylogénétique récemment identifié : F.

Ces analyses nous ont permis de mieux caractériser les souches UPEC de la Guadeloupe. Ces données pourront permettre d’améliorer le diagnostic des souches UPEC et d’identifier des systèmes spécifiques qui pourront servir comme cible vaccinale ou thérapeutique contre les infections du tractus urinaire.

Abstract

Uropathogenic E. coli (UPEC) are responsible for 80 % of urinary tract infections (UTIs). The diversity of UPEC strains and their virulence factors can vary depending on the geographic area where they are found. UPEC strains can colonise the urinary system thanks to virulence factors.

To evaluate the diversity of virulence factors present among strains from clinical cases can lead to discovery of new infectious clones in specific geographic regions. As no studies have previously documented the characterization of UPEC strains from Guadeloupe, the aim of our study was to perform virotyping, by multiplex PCR. Twenty-one virulence factor associated sequences were targeted. The hemolysis phenotype was also evaluated on agar plates. The results show a significant presence of sequences encoding siderophores, vacuolating autotransporter (Vat) and P-fimbriae. We also identified a virulence factor more specific to avian pathogenic E. coli (APEC): the temperature-sensitive hemagglutinin, Tsh, as well as new virulence factors recently discovered in our laboratory through sequencing of an APEC strain. Finally, we characterized more precisely the strains infecting men as well as the recently identified phylogenetic group: F.

These analyses allowed us to better characterise UPEC strains from Guadeloupe. This data will allow us to improve the diagnosis of UPEC strains and to identify specific systems which could be used as potential vaccine or therapeutic targets against urinary tract infections

Type de document: Mémoire
Directeur de mémoire/thèse: Dozois, Charles M.
Mots-clés libres: Infection du tractus urinaire; Escherichia coli uropathogénique; facteur de virulence; groupe phylogénétique; hémolyse; Urinary tract infection; Uropathogenic Escherichia coli; virulence factors; phylogenetic group; hemolysis
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 20 déc. 2016 20:21
Dernière modification: 14 juin 2017 14:50
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/4854

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