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Étude de la biotransformation de l'atrazine chez des souches de rhizobia.

Calveyrac, Bruno (2001). Étude de la biotransformation de l'atrazine chez des souches de rhizobia. Mémoire. Québec, Université du Québec. Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 136 p.

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Résumé

Les rllizobia sont des bactéries connues pour établir des symbioses avec des plantes de la famille des Leguminosae. lis ont été largement étudiés dans le cadre de la fixation symbiotique de l'azote moléculaire. Cependant, ces bactéries vivent aussi sous leur forme libre au niveau de la rhizosphère où elles sont exposées à de nombreux composés aromatiques, polyaromatiques et/ou hétérocycliques. Puisque les rhizobia sont des bactéries rhizosphériques exposés à de tels composés, ils constituent de bons candidats pour la biotransformation et la biodégradation de xénobiotiques aromatiques et hétérocycliques comme l'atrazine retrouvé dans la rhizosphère et sur les tetTains agricoles.

Trois souches, à savoir les souches ATZ-025 et M8 de S. meliloti et R. leguminosarwn bv. viciae P2, isolées de nodules de légumineuses mises en culture dans des sols contaminés par l'atrazine et capables de croître sur l'acide cyanurique, ont été étudiées pour leur capacité de transformer l'atrazine en milieu minimal. Les trois souches sont capables de croître dans un milieu contenant une source de carbone et l'atrazine comme source d'azote. Bien que la production d'EPS par ces bactéries a nuit au suivi de la disparition de l'atrazine par CLHP, un taux de minéralisation de 2,2 à 2,9% a été observé chez la souche P2 deR. leguminosarum bv. viciae.

Dans le cadre de la dégradation de l'atrazine, des gènes codant pour des amidohydrolases, les gènes atzA, atzB et atzC ont été retrouvés chez plusieurs bactéties gram négatif qui dégradent l'atrazine soit complètement ou soit partiellement. Cependant aucune amplification par PCR du gène atzA n'a été obtenue chez les souches M8, ATZ- 025 et P2. Par contre la souche P2 a présenté l'amplification d'un fragment de 2,3 kpb qui poun·ait correspondre à une région amplifiée d'un gène impliqué dans une voie catabolique non spécifique à l'atrazine ou correspondre à un nouveau gène qui reste à étudier.

Quant au gène atzB, il a été identifié chez la souche P2 suite à une amplification par PCR, à un « semi-nested PCR » et à une hybridation Southem. Le fragment amplifié par PCR présente 98,2% d'homologie avec le gène atzB de Pseudomonas ADP. Ce gène semble être présent sur un des plasmides cryptiques de la souche P2.

L'amplification par PCR pour le gène atzC chez la souche P2 présente un fragment de taille inférieure à celui du gène atzC suggérant une perte de la moitié du gène atzC chez la souche P2. Il serait possible que la présence de transposons puisse être à l'origine de la perte d'une région du gène atzC et de l'absence du gène atzA chez certaines souches. L'identification seulement du gène atzB chez la souche P2, alors que cette souche minéralise l'atrazine suggère une perte ou une substitution des gènes atzA et atzC au cours de sous cultures. Ce résultat polllnit suggérer l'existence de voies cataboliques nouvelles de l'atrazine impliquant des enzymes ayant une large spécificité de substrats.

Type de document: Mémoire
Directeur de mémoire/thèse: Ahmad, Darakhshan
Co-directeurs de mémoire/thèse: Lépine, François
Mots-clés libres: -
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 28 sept. 2016 14:58
Dernière modification: 28 sept. 2016 14:58
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/4474

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