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Caractérisation de deux nouvelles espèces Arcobacter, A. lanthierij et A. septicus.

Whiteduck Léveillée, Kerri (2014). Caractérisation de deux nouvelles espèces Arcobacter, A. lanthierij et A. septicus. Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 88 p.

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Résumé

La systématique microbienne permet la classification des bactéries en associant celles-ci à un genre et une espèce. La caractérisation et l'identification de nouvelles espèces bactériennes sont d'une grande importance clinique puisqu'elles permettent d'observer le rôle par rapport aux risques à la santé humaine et animale, mais aussi d'évaluer les traitements possibles si celles-ci causent des infections ou des maladies. Cette tâche peut devenir difficile lorsque l'espèce provient d'un milieu extrême ou encore pour des bactéries fastidieuses dans leurs exigences de croissance. Il n'existe pas une analyse directe afin d'identifier une nouvelle espèce bactérienne et donc une approche polyphasique est nécessaire (Prakash et al., 2007, Vandamme et al., 1992b). Ce type d'approche permet d'obtenir des résultats d'une panoplie d'analyses différentes permettant alors une vue d'ensemble de la taxonomie de la bactérie. Il existe plusieurs communautés bactériennes capables de survivre dans les eaux de surface ainsi que dans la matière fécale humaine et animale. Certaines bactéries font normalement partie de la flore intestinale de certains animaux et de l'humain, comme E. coli. Cependant, lorsqu'une bactérie pathogène s'introduit, alors celle-ci peut causer des infections et des maladies. La contamination fécale des eaux de surface se fait par le ruissellement des matières fécales animales lors de fortes pluies et donc une simple ingestion lors d'une baignade peut causer une infection chez l'humain. La rivière Nation sud (RNS) située en Ontario (Canada) est un bassin versant avec plus de 60% d'activités agricoles et elle est donc un lieu idéal pour faire une étude sur l'effet de la contamination bactérienne provenant de l'agriculture sur les eaux de surface. Le genre bactérien observé dans cette étude est Arcobacter. Ce genre est retrouvé dans les eaux de surface et aussi chez les animaux de ferme, sauvages et domestiques. Des échantillonnages d'eaux de surface de la RNS ainsi que de diverses matières fécales dans les environs de la RNS ont permis d'évaluer la prévalence d'Arcobacter dans cette région. En ce sens, une collection d'isolats Arcobacter fut établie à partir d'échantillons provenant de ce bassin et conservés à AAC. L'hypothèse principale de ce mémoire est que de nouvelles espèces du genre Arcobacter se retrouvent dans la collection d'isolats fécaux d'AAC. L'objectif a été de caractériser ces espèces à l'aide de l'approche polyphasique visant la caractérisation morphologique, phénotypique et génétique. Deux nouvelles espèces Arcobacter ont été découvertes dans cette collection. Le séquençage de I'ARNr 168 et des gènes cpn60, rpoB et gyrB ainsi que le séquençage du génome ont été faits chez ces deux espèces. Des tests biochimiques, enzymatiques et de tolérance ont permis d'évaluer les conditions de croissance des bactéries. Pour compléter, le développement de méthodes moléculaires a permis l'identification de ces nouvelles espèces. Les noms proposés pour ces deux nouvelles espèces sont Arcobacter /anthierii et Arcobacter septicus.

Type de document: Mémoire
Directeur de mémoire/thèse: Villemur, Richard
Mots-clés libres: -
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 17 mars 2016 20:44
Dernière modification: 17 mars 2016 20:44
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/3336

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