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Distribution phylogénétique des gènes d'autotransporteurs chez Escherichia coli

Restieri, Concetta (2006). Distribution phylogénétique des gènes d'autotransporteurs chez Escherichia coli Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 133 p.

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Résumé

Escherichia coli est une bactérie faisant partie de la flore intestinale normale des humains et des animaux. Cependant, la diversité génétique de cette espèce confère à certaines souches la capacité de causer diverses maladies intestinales et extraintestinales. L'espèce E. coli peut être classée selon différents critères. La classification par pathotype regroupe les souches qui provoquent le même type de maladie. L'espèce E. coli peut aussi être classée selon sa clonalité en quatre groupes phylogénétiques majeurs (A, BI, B2 et D). Les autotransporteurs sont des protéines sécrétées par les bactéries Gram négatives ayant l'aptitude de diriger leur propre excrétion à travers la membrane externe. Ces protéines ont toutes la même structure générale mais possèdent différentes fonctions et/ou différents rôles pour la virulence. Les molécules d'autotransporteurs sont divisées en trois domaines: le domaine a. ou N-terminal permet au précurseur protéique d'initier son transport à travers la membrane bactérierme interne ; le domaine passager confère la fonction à la protéine ; et finalement le domaine p ou C-terminal forme un pore à travers la membrane externe de la bactérie permettant au domaine passager d'être exporté vers le milieu externe. Le domaine passager peut soit être totalement relâché dans le milieu extracellulaire ou rester attaché à la membrane externe de la bactérie. Au cours de ce projet, une méthode de PCR multiplexe a été développée afin d'améliorer la détection des séquences encodant les gènes de 13 autotransporteurs (tsh, vat, sat, pic, espP, sigA, sepA, espC, eatA, pet, eaaA, agn43 et aida-I). Par la suite, la prévalence de ces séquences a été évaluée parmi des souches d'E. coli provenant de pathogenèse aviaire (APEC), d'infections urinaire humaines (UPEC), de maladies intestinales (IPEC) et la collection de référence ECOR. La localisation des gènes codant les autotransporteurs Tsh et Vat a aussi été examinée par hybridation de type Southern afin de déterminer s'ils sont encodés sur le chromosome bactérien ou sur des plasmides de haut poids moléculaire. Les résultats démontrent que la présence des gènes d'autotransporteurs est en général associée aux souches provenant des groupes phylogénétiques B2 et D, ce qui démontre une distribution phylogénétique de ces gènes. De plus, les souches provenant de ces groupes sont reconnues pour être plus virulentes que les souches provenant des groupes A et BI, ce qui pourrait expliquer la présence plus accrue des gènes d'autotransporteurs parmi elles. Aussi, on dénote une distribution des gènes d'autotransporteurs selon le pathotype des souches étudiées. Finalement, parmi les souches testées, le gène tsh semble toujours être codé sur un plasmide alors que le gène vat serait toujours localisé sur le chromosome bactérien.

Type de document: Mémoire
Directeur de mémoire/thèse: Dozois, Charles M.
Mots-clés libres: bacterie ; gene ; transporteur ; infection
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 30 sept. 2013 14:42
Dernière modification: 14 déc. 2015 16:10
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/274

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