Dépôt numérique
RECHERCHER

Identification, characterization and phylogenetic analyses of genes encoding structural and regulatory proteins located within two conserved regions on the Choristoneura fumiferana granulovirus genome

Rashidan, Kianoush Khajeh (2005). Identification, characterization and phylogenetic analyses of genes encoding structural and regulatory proteins located within two conserved regions on the Choristoneura fumiferana granulovirus genome Thèse. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 254 p.

[img]
Prévisualisation
PDF
Télécharger (3MB) | Prévisualisation

Résumé

L'utilisation des insecticides biologiques à risque réduit est une alternative acceptable aux insecticides chimiques. En effet, les problèmes associés à ces derniers, notamment au niveau de l'émergence d'insectes résistants, la réduction de la biodiversité de l'entomofaune et les risques environnementaux, sont minimisés voir même absents lors de l'utilisation des insecticides biologiques. Ce projet s'intéresse au granulovirus Choristoneurafumiferana un granulovirus qui possède des caractéristiques intéressantes comme agent de lutte biologique. Les baculovirus possèdent un spectre d'hôte limité puisqu'ils infectent principalement les insectes de l'ordre des lépidoptères. Le ChfuGV se retrouve spécifiquement chez la tordeuse des bourgeons de l'épinette, le principal ravageur entomologique des forêts résineuses de l'Est du Canada. Cet insecte représente une menace économique importante pour l'industrie canadienne du bois. Les populations de la tordeuse des bourgeons de l'épinette sont caractérisées par des épidémies cycliques. Une meilleure compréhension des mécanismes impliqués lors de l'infection des insectes par le ChfuGV devrait permettre d'élaborer des prescriptions sur son emploi à grande échelle dans la lutte contre les populations de la tordeuse des bourgeons de l'épinette. Les interactions entre les virus et les cellules hôtes lors des infections virales sont largement dépendantes du rôle de certaines protéines. Dans ce contexte, une caractérisation des protéines impliquées dans le processus d'infection des larves de la tordeuse des bourgeons de l'épinette par le ChfuGV pourrait fournir des éléments importants permettant d'expliquer la spécificité de cette entomopathogène. Cependant, très peu d'informations sont connues sur la composition génomique et protéique du ChfuGV. Le génome baculoviral est constitué d'ADN double brin super-enroulé, variant entre 80 et 230 kb et codant pour environ 100 protéines. L'ADN est emmagasiné à l'intérieur d'une nucléocapside protéique laquelle est entourée d'une enveloppe phospholipidique contenant des glycoprotéines transmembranaires. De plus, les baculovirus possèdent aussi une couche appelée tégument, située entre la nucléocapside et 1'enveloppe. Dans le cycle viral des baculovirus, deux phénotypes structurellement distincts sont essentiels pour la réplication virale. Il s'agit du phénotype BV qui est un virus bourgeonnant qui est présent dans la première phase d'infection du virus et du phénotype ODV qui est un virus inclus dans une matrice protéique nommée granuline (polyhédrine dans le cas des NPV) qui est produit lors de la deuxième phase de l'infection. Les ODV peuvent persister longtemps dans l'environnement et sont responsables de la propagation du virus d'un insecte à l'autre et les BV sont responsables de la propagation du virus de cellule en cellules à l'intérieur de l'insecte. Deux protéines majeures de la nucléocapside ont attiré notre attention lors de cette étude. Il s'agit des protéines ODVP-6e/ODV-E56 et p74. Il s'agit de protéines hautement conservées chez les baculovirus et qui sont associées avec l'enveloppe de phénotype ODV. Les protéines de la nucléocapside enveloppée ODV-6e/ODV-E56 et p74 ont été détectées par une migration sur un gel SDS-PAGE et les bandes de masses de 39 et 74 kDa ont été isolées, purifiée et les séquences partielles ont été obtenues par spectrométrie de masse. En se servant du programme BLAST et FASTA 3, ces séquences partielles ont été comparées aux séquences connues des banques de données. Les séquences primaires similaires récupérées correspondaient à celles des protéines ODVP-6e/ODV-E56 et p74 retrouvées chez d'autres baculovirus. Des amorces dégénérées oligonucléotidiques ont été dessinées à partir des séquences primaires afin d'identifier et isoler, par PCR, les gènes codant pour les protéines ODVP-6e/ODV-E56 et p74 sur les fragments de restriction de l'ADN génomique du ChfuGV. Le gène codant pour la protéine ODVP-6e/ODV-E56 a été localisé sur le fragment subgénomique BamHI de llkb et le gène codant pour la protéine p74 a été retrouvé sur le fragment subgénomique BamHI de 8,9 kb. Tous les ORF situés à l'intérieur de la région du gènes odvp-6elodv-e56 et p74 du granulovirus de Choristoneurafumiferana ont été identifiés par séquençage du fragments de restriction BamHI de 11 kb et 8.9 kb sur le génome du ChfuGV. Les séquences des tous les ORFs conservé à l'intérieur de la région odvp-6elodv-e56 et p74 sont comparées aux ORFs équivalents localisés au niveau de la même région dans d'autres GV.

Type de document: Thèse
Directeur de mémoire/thèse: Guertin, Claude
Mots-clés libres: insecticide ; biologique ; tordeuse ; lepidoptere
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 30 sept. 2013 14:34
Dernière modification: 14 déc. 2015 16:06
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/271

Actions (Identification requise)

Modifier la notice Modifier la notice