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Différenciation des sources de pollutions fécales humaines et animales dans l'eau : utilisation de marqueurs géniques

Martellini, Anouk (2005). Différenciation des sources de pollutions fécales humaines et animales dans l'eau : utilisation de marqueurs géniques Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 163 p.

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Résumé

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L'objectif de ce projet de recherche était de développer une nouvelle méthode moléculaire capable d'identifier les sources de pollutions fécales humaines et animales dans l'eau. Contrairement aux nombreuses approches déjà testées qui visent toutes des microorganismes, la méthode proposée ici cible le matériel génétique des cellules humaines et animales excrétées dans les fèces, d'où son côté innovateur. Pour ce faire, un protocole d'amplification a été élaboré avec des amorces conçues pour cibler spécifiquement l'ADN mitochondrial et l'ADN ribosomal 288 de l'humain et de divers animaux (moutons, bœufs et porcs). Une méthode d'extraction a été mise au point et les conditions des réactions de PCR, de PCR multiplex et de PCR internes ont été établies avec des ADN extraits de tissus et de fèces. L'approche faisant appel à l'ADN ribosomal 288, n'étant pas pratique, a dû être abandonnée. Les amorces mitochondriales ont ensuite été testées avec les ADN extraits d'eaux usées provenant de la station d'épuration de Fabreville, d'eaux provenant de deux fermes, de lisier de porc (avant et après traitement dans un bioréacteur thermophile), et d'eaux provenant de la rivière l'Assomption et de la rivière des Mille-Îles. Au moins une des 4 espèces a été détectée dans la plupart des échantillons. De plus, il a été démontré que les marqueurs pouvaient persister au moins 5 jours dans l'eau usée. Il a également été démontré que le PCR interne est capable de détecter l'ADN mitochondrialjusqu'à 0,1 pg d'ADN génomique et que 103 à 104 cellules humaines par litre d'eau usée peuvent être détectées en utilisant le protocole de PCR multiplex. En conclusion, cette méthode est innovatrice, simple, rapide et fiable pour identifier la source de la contamination fécale dans 1'eau.

Type de document: Mémoire
Directeur de mémoire/thèse: Villemur, Richard
Co-directeurs de mémoire/thèse: Payment, Pierre
Informations complémentaires: Résumé avec symboles
Mots-clés libres: pollution ; fecale ; marqueur ; genique
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 30 sept. 2013 14:33
Dernière modification: 08 déc. 2015 15:42
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/248

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