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Étude protéomique de Desulfitobacterium frappieri PCP-1 lors de l’induction pour la déshalogénation réductrice en position ortho du 2,4,6-TCP.

Pagé-Bélanger, Rachel (2002). Étude protéomique de Desulfitobacterium frappieri PCP-1 lors de l’induction pour la déshalogénation réductrice en position ortho du 2,4,6-TCP. Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 141 p.

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Résumé

Desulfitobacteriumfrappieri PCP-1 est le seul microorganisme connu capable de déchlorer le pentachlorophénol aux positions ortho, meta et para. D. frappieri PCP-1 dégrade également un large spectre de composés aromatiques substitués avec un groupement hydroxyle ou aminé. Cette activité de déchloration implique au moins deux déshalogénases réductrices associées à la membrane. La déshalogénase I, qui effectue essentiellement de la déshalogénation en position ortho, a été récemment purifiée d'une culture de la souche PCP-1 dégradant le 2,4,6-trichlorophénol (2,4,6-TCP). Afin de mieux comprendre le mécanisme de déshalogénation réductrice en position ortho chez D. frappieri PCP-1, une étude protéomique comparative de la souche PCP-1 cultivée en absence et en présence de 2,4,6-TCP a été entreprise. Des fractions membranaires et cytoplasmiques ont été recueillies pour chaque culture et les protéines de ces fractions ont été séparées dans des gels électrophorétiques en deux dimensions (2D). La comparaison des fractions membranaires des lots induits et non-induits a révélé la présence de deux protéines réprimées (47 et 57 kDa) ainsi qu'une protéine induite (15 kDa) lors de la déshalogénation en position ortho du 2,4,6-TCP. La déshalogénase 1 s'est retrouvée tant dans les cellules induites que non-induites pour le mécanisme étudié, suggérant que cette protéine est constitutive. La déshalogénase I se retrouvait en quantité moins abondante dans les fractions cytoplasmiques que membranaires, ce qui laisse croire que cette protéine est faiblement reliée à la membrane. La séparation de la déshalogénase I (protéine 37 kDa) par électrophorèse 2D a également montré que cette protéine se présente sous plusieurs isoformes. Les protéines d'intérêt identifiées dans les gels après électrophorèse 2D ainsi que la déshalogénase I ont été par la suite digérées à la trypsine avant d'être analysées par spectrométrie de masse sur un triple quadripôle couplé à une nanoélectrovaporisation. Les séquences peptidiques de la déshalogénase I ont permis d'isoler et de séquencer le gène de la déshalogénase I chez D. frappieri. Cette séquence ne présente aucune homologie significative avec une protéine dont la fonction est connue dans les banques de données. Cependant, un gène similaire a été retrouvé dans le génome de Desulfitobacterium hafniense. La protéine réprimée de 47 kDa a été identifiée comme étant la sous-unité p de 1'ATP synthétase alors que la protéine réprimée de 57 kDa a été identifiée comme une sous-unité de la glycolate oxydase.

Type de document: Mémoire
Directeur de mémoire/thèse: Beaudet, Réjean
Mots-clés libres: desulfitobacterium ; frappieri ; pcp-1 ; deshalogenation ; reducteur ; proteome
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 16 sept. 2015 16:21
Dernière modification: 16 sept. 2015 16:21
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/2341

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