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Analyse transcriptionnelle des gènes conservés chez la souche uropathogène Escherichia coli CFT073 dans le tractus urinaire de la souris

Augustin, Barbara (2005). Analyse transcriptionnelle des gènes conservés chez la souche uropathogène Escherichia coli CFT073 dans le tractus urinaire de la souris Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 175 p.

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Résumé

Les infections du tractus urinaire (ITU) font parties des infections bactériennes les plus fréquentes. Elles sont causées par certaines souches du genre Escherichia coli (souches uropathogènes ou extra-intestinales) qui constituent plus de 80% des complications (cystites, pyélonéphrites) qui surviennent suite à ces infections. Le présent projet de recherche a permis d'analyser l'expression différentielle (in vivo versus in vitro) des gènes conservés lors d'ITU en utilisant des biopuces d'ADN d'E. coli K-12 (souche MG1655). La souche uropathogène E. coli CFT073, provenant d'un cas de pyélonéphrite aiguë, a été utilisée pour l'infection de souris femelles grâce au modèle ascendant d'ITU. Cette même souche a servi à la préparation d'une culture in vitro. Une technique émergente, nommée SCOTS (capture sélective des séquences transcrites), a été utilisée afin de capturer les transcrits procaryotes. Les produits SCOTS obtenus ont été utilisés comme sondes afin d'hybrider des lames d'E. coli K-12 MG1655 (Gene Expression Center 1 University of Wisconsin). Des analyses génomiques ont démontré que 74% des cadres de lecture ouverts (3189 en tout) d'E. coli K-12 étaient présents chez la souche E. coli CFT073. Les données obtenues lors de 1'expérience des biopuces ont finalement été confirmées par PCR quantitatif en temps réel (qRT-PCR). L'analyse statistique des résultats obtenus suite à l'hybridation des biopuces a permis de détecter 466 gènes (15% de l'ensemble des gènes présents sur la lame) présentant une expression différentielle (149 gènes induits et 317 gènes réprimés) significative. Cette étude a démontré qu'il n'y avait pas vraiment de différences entre l'expression des gènes conservés dans la vessie et dans les reins par rapport à 1'expression de ces mêmes gènes dans une culture in vitro. Parmis les classes fonctionnelles des gènes les plus représentées, on retrouve celles du métabolisme des acides gras, du métabolisme des nucléotides, de la biosynthèse des cofacteurs et de la réplication de 1'ADN. Près de la moitié des données significatives obtenues constituent des gènes aux fonctions putatives ou totalement inconnues. Les résultats de biopuces obtenus ont démontré que l'utilisation d'une technique telle que SCOTS apportait un avantage significatif lors de 1'étude de 1'expression différentielle des gènes pendant une infection. De plus, ce projet de recherche a permis de cibler des gènes conservés différentiellement exprimés lors de l'infection du tractus urinaire de la souris.

Type de document: Mémoire
Directeur de mémoire/thèse: Dozois, Charles M.
Co-directeurs de mémoire/thèse: Daigle, France (Département de microbiologie et d'immunologie UdeM)
Mots-clés libres: infection ; tractus ; urinaire ; itu ; electrophorese
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 25 sept. 2013 14:04
Dernière modification: 08 déc. 2015 14:29
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/128

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