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Étude des Bifidobacterium comme indicateur des sources diffuses de pollution

Abella, Alexandre (2006). Étude des Bifidobacterium comme indicateur des sources diffuses de pollution Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 176 p.

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Résumé

Le risque que représentent les maladies microbiennes associées à l'eau est, à l'heure actuelle, une priorité pour les autorités responsables de la gestion de cette ressource. Un grand nombre de ces maladies sont causées par la présence de pathogènes (bactéries, virus, protozoaires) d'origine fécale dans l'eau. Ces pathogènes menacent les approvisionnements en eau potable, les eaux récréatives, les eaux servant à l'agriculture et à l'aquaculture ainsi que les écosystèmes aquatiques. Historiquement, la qualité microbiologique de l'eau a été évaluée à l'aide d'un groupe restreint de microorganismes indicateurs. L'utilisation de ces microbes a notamment permis d'éradiquer plusieurs maladies. L'émergence d'épisodes tragiques de contamination hydrique ces dernières années remet en question l'utilisation seule des indicateurs microbiologiques afin d'assurer la qualité de l'eau. L'évolution des connaissances montre l'importance d'assurer un approvisionnement de qualité, ce qui constitue une manière préventive de contrer l'entrée massive de contaminants dans les réseaux d'eau potable. La possibilité d'identifier la provenance des contaminants fécaux souvent porteurs de pathogènes devrait améliorer, au point de vue microbiologique, la qualité de la ressource. Pour ce faire, de nouveaux indicateurs sont développés afin de mieux déterminer l'origine de la contamination fécale de l'eau. À cette fin, le genre Bifidobacterium a été proposé comme un indicateur permettant la différenciation des sources de contamination fécale de l'eau. Cette capacité de différenciation se base sur le cloisonnement des espèces de bifidobactéries selon l'hôte colonisé. Ainsi, 1'origine de la contamination fécale peut être retracée à partir des espèces retrouvées dans le cours d'eau. Ce projet de maîtrise a permis de montrer la présence de bifidobactéries à 1'état cultivable dans quatre cours d'eau québécois situés en zone urbaine et en zone agricole. L'isolement des bifidobactéries à partir des cours d'eau a été fait par filtration suivie d'une croissance en anaérobiose sur le milieu BFM. L'utilisation de réactions en chaîne par polymérase (PCR multiplexe) et du séquençage a permis d'identifier 5 espèces de Bifidobacterium présentes à l'état cultivable dans les cours d'eau soit: B. adolescentis, B. longum, B. bifidum, B. angulatum et B. pseudocatenulatum. Ce projet a aussi mesuré l'impact de certains facteurs abiotiques sur la survie de Bifidobacterium. Ceci avait pour but d'expliquer l'absence de bifidobactéries généralement associées aux animaux dans les cours d'eau situés en zone agricole. À ce sujet, la présence de matière organique (surnageant de lisier) et l'absence de mouvement de brassage de l'eau, conditions souvent rencontrées dans les cours d'eau en zone agricole, font varier la longévité, à l'état cultivable, des bifidobactéries. La poursuite d'études plus approfondies sur le devenir des bifidobactéries une fois excrétées et sur la distribution des espèces selon l'hôte paraît essentielle afin de déterminer l'avenir de Bifidobacterium comme un indicateur des différentes sources de contamination fécale des cours d'eau.

Type de document: Mémoire
Directeur de mémoire/thèse: Payment, Pierre
Co-directeurs de mémoire/thèse: Villemur, Richard
Mots-clés libres: eau ; pathogene ; contamination ; fecale
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 26 sept. 2013 13:37
Dernière modification: 08 déc. 2015 14:23
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/118

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