Identifacation de la source de contamination fécale dans l'eau par la détection de l'ADN mitochondrial

Kortbaoui, Randa (2008). Identifacation de la source de contamination fécale dans l'eau par la détection de l'ADN mitochondrial Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 103 p.

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Résumé

L'objectif de ce projet de recherche débuté en 2005 était d'optimiser une nouvelle méthode moléculaire capable d'identifier les sources de pollution fécale humaine et animale dans l'eau. À l'opposé de nombreuses approches déjà expérimentées qui détectent des microorganismes indicateurs ou des virus et des protozoaires associés à certaines espèces, la méthode proposée ici cible un marqueur génétique des cellules humaines et animales excrété via les fèces. L'ADN mitochondrial a été choisi comme cible compte tenu des différents avantages qu'il possède: sa présence en plusieurs copies dans la cellule, sa structure circulaire, sa durée de vie, etc. Pour ce faire, un protocole d'amplification par PCR et PCR interne a été élaboré avec des amorces ciblant spécifiquement les ADNs mitochondriaux humain, ovin, bovin, porcin et de poulet. Ces amorces spécifiques ont ensuite été testées avec les ADNs extraits d'eaux usées provenant de la station d'épuration de Fabreville, de la station d'épuration d'Auteuil ainsi sur les eaux des rivières de l'Assomption et des Mille-Îles. Le protocole d'échantillonnage a été simplifié en passant par une étape de filtration suivie d'une extraction rapide de l'ADN total par broyage avec des billes de verre. La contamination fécale de l'eau a été déterminée dans certaines rivières et plusieurs espèces ont été détectées dans les échantillons d'eaux usées. Il a été démontré que le PCR interne est capable de détecter plus d'espèces que le PCR simple. Des amorces universelles ont aussi été développées pour cibler les cinq espèces en même temps. Ces amorces ont permis en une seule réaction de PCR d'amplifier l'ADN mitochondrial présent dans l'eau. La discrimination des espèces a été faite par des expériences de dot blot. Pour ce faire, des oligonucleotides spécifiques à chaque espèce ont été fixés sur des membranes de nylon. Le produit de PCR (préalablement marqué) a servi de sonde pour une hybridation avec ces oligonucléotides. Une analyse comparative entre la technique dot blot et celle du PCR avec amorces spécifiques a révélé les mêmes résultats sur les échantillons d'eau. En conclusion, cette méthode est simple, rapide, fiable et efficace pour identifier la source de la contamination fécale dans l'eau.

Type de document:	Thèse Mémoire
Directeur de mémoire/thèse:	Villemur, Richard
Co-directeurs de mémoire/thèse:	Payment, Pierre
Mots-clés libres:	technique ; pcr ; eau ; bacterie ; virus ; microorganisme ; parasite
Centre:	Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt:	11 oct. 2013 18:53
Dernière modification:	08 déc. 2015 15:22
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/226

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