L'écologie de l'ADN environnemental (ADNe) et de l'ARN environnemental (ARNe) pour le suivi des poissons

Castonguay, Marie‐Lee (2025). L'écologie de l'ADN environnemental (ADNe) et de l'ARN environnemental (ARNe) pour le suivi des poissons Thèse. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en sciences de l'eau, 213 p.

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Résumé

Les changements climatiques représentent une menace majeure pour la biodiversité aquatique, conduisant notamment à des déclins notables chez de nombreuses espèces de poissons, à des modifications de leur aire de répartition, ainsi qu’à des perturbations de leur cycle migratoire. Face au nombre croissant de pressions environnementales et anthropiques, la nécessité de préserver et de restaurer la biodiversité des écosystèmes aquatiques s’est accrue. Depuis plusieurs années, l’analyse de l’ADN environnemental (ADNe) et de l’ARN environnemental (ARNe), collectivement désignés « acides nucléiques environnementaux » (ANe), révolutionne les études de biosurveillance en raison du caractère non invasif de la méthode, de son côté économique et des données plus précises que celles obtenues avec les méthodes traditionnelles. Toutefois, l’écologie des ANe en milieu aquatique reste un défi considérable dans l’application généralisée de ces derniers. De nombreux facteurs biotiques et abiotiques peuvent exercer une influence sur la production ainsi que la persistance des molécules d’ADN et d’ARN dans l’environnement, ce qui peut restreindre l’interprétation des données recueillies sur le terrain. L’objectif général de cette thèse consiste à mener une série d’expériences sous conditions contrôlées afin d’évaluer l’impact de diverses variables sur la modulation des ANe chez des espèces de poissons. Dans l’ensemble, la température s’est révélée être un facteur déterminant dans la détection des ANe, où des températures plus froides étaient associées à une accumulation plus lente et une persistance prolongée du matériel génétique. De plus, une corrélation positive a pu être établie entre les concentrations d’ANe et la densité ou la biomasse totale des organismes présents dans un milieu. Les travaux ont également démontré l’absence d’effet significatif sur la production et la dégradation des ANe en présence de plomb (Pb), mais une persistance prolongée des molécules d’ADNe et d’ARNe lors d’une exposition à des billes de microplastiques de polyéthylène (PE). Par ailleurs, une libération importante de matériel génétique a été constatée en contexte de mortalité chez les individus et une persistance considérable des molécules d’ANe a été observée pendant plusieurs jours post mortem. L’ensemble des travaux présentés dans cette thèse souligne l’importance d’approfondir les connaissances liées à l’écologie des ANe en milieu aquatique afin de mieux orienter les stratégies de biosurveillance, d’optimiser les protocoles pour la prise de données et de mieux comprendre ces dernières, particulièrement dans un contexte de changements climatiques.

Type de document:	Thèse Thèse
Directeur de mémoire/thèse:	Langlois, Valérie
Co-directeurs de mémoire/thèse:	Côté, Guillaume
Mots-clés libres:	ADN environnemental; ARN environnemental; écologie; biosurveillance; espèces aquatiques; température; biomasse; densité; contaminants; mortalité
Centre:	Centre Eau Terre Environnement
Date de dépôt:	07 oct. 2026 20:13
Dernière modification:	07 oct. 2026 20:13
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/17124

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