Découverte et étude d’ARN noncodants régulant des méthylases d’ARN

Smail, Katia (2019). Découverte et étude d’ARN noncodants régulant des méthylases d’ARN Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 106 p.

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Résumé

Les ARN noncodants (ARNnc) sont des molécules d’ARN non traduites en protéines ayant un rôle dans la régulation des gènes. Chez les bactéries, ils constituent un élément crucial de la régulation génique car ils permettent une homéostasie, entre autres par des ajustements de leur physiologie en réponse à différentes conditions environnementales. Les régions UTR (untranslated region) sont localisées en 5′ ou en 3′ d’une région codante dans un ARNm. On retrouve dans celles-ci la majorité des ARNnc régulateurs connus tels les riboswitchs, les petits ARN, les ARN anti-sens ainsi que des éléments d’autorégulation. Dans ce projet, nous émettons l’hypothèse que des gènes qui codent pour des enzymes qui modifient les ARN pourraient s’autoréguler à travers leur UTR. Nous nous intéressons particulièrement à la méthylation des ARN car de potentiels exemples d’un tel mécanisme ont été rapportés dans la littérature (tel le motif mraW). L’objectif du projet consiste à trouver de bons candidats à l’aide d’outils bioinformatiques et d’étudier ensuite expérimentalement les candidats potentiels au laboratoire pour confirmer leur rôle et leur mécanisme d’action. Les expériences seront réalisées principalement de deux façons : avec des gènes rapporteurs in vivo et, lorsque confirmé, par des essais de méthylation in vitro. Ainsi, en utilisant la base de données RiboGap, qui permet un accès très simplifié aux régions intergéniques chez les procaryotes, et le pipeline GraphClust, qui permet de trouver des regroupements conservés de séquences, nous avons sélectionné une liste de motifs à tester au laboratoire. Nous avons pour commencer entrepris de confirmer la structure de certains de nos motifs via des expériences d’inline probing. Par la suite, le motif-28 retrouvé en avant de la méthyltransférase mnmC a été testé in vivo. Les résultats obtenus combinés à l’outil BPROM ont permis de mettre en évidence une possible régulation à double sens dans la région 5′UTR du gène mnmC, ce qui nous a amené à prédire le promoteur potentiel du gène mnmC qui était jusqu'alors inconnu. Avec BPROM nous avons raffiné la liste des candidats potentiels que nous avons obtenus.

Type de document:	Thèse Mémoire
Directeur de mémoire/thèse:	Perreault, Jonathan
Mots-clés libres:	-
Centre:	Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt:	09 juill. 2024 15:27
Dernière modification:	09 juill. 2024 15:27
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/15821

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