Selection of Aptamers against Pathogenic Bacteria of Interest in Aquaculture and Public Health

Aguilar Sánchez, Vanessa (2022). Selection of Aptamers against Pathogenic Bacteria of Interest in Aquaculture and Public Health Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, maîtrise en microbiologie appliquée, 92 p.

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Résumé

Dans la présente étude, deux méthodes de production enzymatique d’ADN simple brin ont été sélectionnées, et différentes combinaisons des enzymes ont été essayées afin d’étudier la possibilité d’améliorer la méthodologie SELEX (Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment), rendant les cycles plus rapides que peuvent enrichir les séquences de la même manière qu’un SELEX traditionnel. En plus, plusieurs SELEX ont été effectués contre des ligands de nature pathogène d’intérêt dans l’industrie alimentaire et l’aquaculture, comme des bactéries entières et une toxine formée par deux sous unités causant la maladie AHPND (Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease) dans les cultures des crevettes. Une méthode enzymatique permettant la complétion de la méthode SELEX en quelques jours a été identifiée. L’utilisation de la digestion par l’enzyme lambda exonuclease a présenté des résultats intéressants montrant la sélection de candidats avec une affiité pour le ligand. Finalement, certaines séquences pouvant être caractérisées comme aptamères pour les ligands d’intérêts on été selectionées. Celles-ci ont été étudiées dans des conditions contrôlées.

In the present study, two enzymatic ssDNA production methods have been selected, and different combinations of them in order to study the possibility of improving the SELEX (Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment) methodology, making faster cycles that can enrich the sequences in the same way. In addition, several SELEX have been performed against ligands of pathogenic nature of interest in the food and aquaculture industry, as whole bacteria and a toxin complex causing AHPND disease (Acute hepatopancreatic necrosis disease) in shrimp farming. An enzymatic method has been identified that allows the complete SELEX methodology in a few days, the use of digestion by lambda exonuclease enzyme has presented interesting results that show the selection of candidates with affinity for the ligand In addition, some sequences have been selected that can be characterized as aptamers for ligands of interest and can be continued with the analysis of them under controlled conditions and directly in the field.

Type de document:	Thèse Mémoire
Directeur de mémoire/thèse:	Perreault, Jonathan
Co-directeurs de mémoire/thèse:	Soto Rodríguez, Sonia A
Mots-clés libres:	SELEX; sbADN; digestion enzymatique; aptamers; enzymatic digestion
Centre:	Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt:	18 juill. 2023 14:09
Dernière modification:	31 août 2023 14:27
URI:	https://espace.inrs.ca/id/eprint/13059

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