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Étude structurale d’un riboswitch S-adénosylméthionine (SAM) II chez Burkholderia thailandensis

Korniakova, Vesta; Sellamuthu, Balasubramanian; Yang, Xiaoling; Khalfaoui, Fatma; Naghdi, Mohammad Reza; Perreault, Jonathan . Étude structurale d’un riboswitch S-adénosylméthionine (SAM) II chez Burkholderia thailandensis In: Congrès Armand-Frappier 2017 (10e édition), 9-11 novembre 2017, Orford (Québec).

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Résumé

Les riboswitchs sont des ARN régulateurs structurés présents majoritairement dans les régions 5′ non traduite d’ARNm chez les bactéries. Ces structures sont composées d’un domaine de liaison de ligand, soit l’aptamère, et d’un domaine à mécanismes-variables contrôlant l’expression d’un gène, soit la plateforme d’expression. L’aptamère d’un riboswitch adopte différentes structures en présence et en absence de son ligand spécifique. À ce jour, il n’y a qu’une structure non liée de riboswitch qui a été résolue par crystallographie, contre des dizaines de structures liées. Suite à la découverte dans notre laboratoire d’une nouvelle variante de riboswitch de type S-adénosylméthionine (SAM) II chez B. thailandensis, on vise à confirmer l’existence d’une des structures non-liées de l’aptamère. Basé sur la théorie que le domaine aptamère d’un riboswitch est dynamique et transitionnel dans une plage de structures intermédiaires, une série de mutants, ayant pour but d’affaiblir ou de renforcer une des structures hypothétiques non-liées, sont testés pour leur affinité avec SAM par la technique d’in-line probing. Nos résultats permettent de confirmer l’existence de certaines composantes structurales importantes de cette structure non-liée. Par contre, à notre surprise, cette structure non-liée ne compétitionne pas avec la structure liée, mais semble plutôt contribuer à la liaison de SAM. Cette caractéristique d’une structure de l’aptamère non-lié révèle des indices sur les déterminants structuraux essentiels au mécanisme d’action des riboswitchs.

Type de document: Document issu d'une conférence ou d'un atelier
Mots-clés libres: -
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 18 mars 2019 18:45
Dernière modification: 18 mars 2019 18:45
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/7961

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