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RNAstem : une base de données pour trouver des motifs d’ARN à cibler par des petites molécules

Najeh, Sabrine; Cholley, Pierre-Étienne; El Korbi, Amell; Antony, Jon; Meyer, Michelle; Perreault, Jonathan; Castonguay, Annie . RNAstem : une base de données pour trouver des motifs d’ARN à cibler par des petites molécules In: Congrès Armand-Frappier 2017 (10e édition), 9-11 novembre 2017, Orford (Québec).

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Résumé

RNAstem est une base de données développée dans notre laboratoire. Elle permet de chercher des motifs de structure secondaire des ARN. Ces motifs peuvent être des boucles terminales, des boucles internes, des jonctions multi-tiges et des régions doubles brins. Nous avons eu recours à cette base de données pour chercher des motifs à cibler par des petites molécules qui sont connues pour leur capacité de lier l’ARN. La molécule que nous avons choisi est le 6' N 5 hexynoate kanamycin capable de lier des boucles internes. En effet, cet antibiotique modifié peut lier à haute affinité des motifs comme un "C-A" mismatch et une boucle ayant la séquence "C-U" en 5’ et en 3’. Alors, l’idée de notre projet est de chercher dans RNAstem les motifs liés par cette molécule dans des ARN autres que ceux qui étaient publiés et voir s’il y aura une liaison et si cette liaison peut affecter la structure de l’ARN. Parmi les résultats générés par RNAstem nous avons choisi de tester un riboswitch liant le Mg2+ et des microARN. Le changement structural de l’ARN liant le 6' N 5 hexynoate kanamycin est évalué par la technique de in-line probing qui permet de comparer la structure de l’ARN libre et l’ARN lié.

Type de document: Document issu d'une conférence ou d'un atelier
Informations complémentaires: Affiche scientifique no 29
Mots-clés libres: -
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 18 mars 2019 15:01
Dernière modification: 18 mars 2019 15:01
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/7934

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