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Découverte de nouveaux antibiotiques efficaces contre les bactéries multirésistantes par métagénomique fonctionnelle

Brahami, Anissa; Déziel, Éric; Castonguay, Annie . Découverte de nouveaux antibiotiques efficaces contre les bactéries multirésistantes par métagénomique fonctionnelle In: Congrès Armand-Frappier 2017 (10e édition), 9-11 novembre 2017, Orford (Québec).

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Résumé

Dans ce projet, nous exploitons la métagénomique fonctionnelle pour étudier la diversité microbienne encore inconnue dans le but de découvrir un nouvel antibiotique. L’étude proposée cible des lieux d’isolement à fort antagonisme bactérien, soit de l’ADN obtenu d'un biofilm microbien provenant d’un égout sanitaire d'un hôpital québécois, d'un biofilm d’effluents hospitaliers d’Égypte et d’un biofilm d’un égout sanitaire situé en aval d’un hôpital Lavallois. Une hydrolyse enzymatique des exopolyméres du biofilm avant extraction d’ADN a permis d’augmenter le rendement et la qualité de l’ADN extrait. Aussi, l'usage d’une méthode de "bead-beating" adoucie a permis d’obtenir des fragments d’ADN d’une longueur d’environ 45 kb. Cet ADN a été digéré dans le but de construire des banques d’ADN à large insert. Les fragments d’ADN dont la taille était supérieure à 7 kb ont été extraits sur gel, clonés dans le vecteur pBeloBAC11, puis transformés chez Escherichia coli DH10B avec une efficacité d’environ 2,7x105 ± 0.6 UFC/μg. Le criblage de cette banque a été réalisé contre la bactérie cible Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) par la méthode de double couches d’agar. Au total 50 000 clones ont été testés. Puis, en raison de certains désavantages de la méthode dont la duplication et la désorganisation des transformant E. coli lors du dépôt de la deuxième couche de bactéries cibles, une méthode de vaporisation de bactéries (par airbrush) a été mise au point pour améliorer le criblage et 100 000 clones ont été criblés. Des deux criblages, 15 clones sont potentiellement actifs contre SARM démontré par la présence d’une petite zone d’inhibition de croissance. Un clone en particulier présente un défaut de croissance en milieu liquide et en milieu solide. L’hypothèse est qu’une molécule serait produite par le transformant E. coli suite à la présence d’un insert, ce qui affecterait fortement sa croissance.

Type de document: Document issu d'une conférence ou d'un atelier
Informations complémentaires: Affiche scientifique no 63
Mots-clés libres: -
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 18 mars 2019 15:09
Dernière modification: 18 mars 2019 15:13
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/7515

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