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Caractérisation moléculaire du coronavirus humain OC43 : séquençage du génome et assemblage d'un clone infectieux

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St-Jean, Julien; Talbot, Pierre J. . Caractérisation moléculaire du coronavirus humain OC43 : séquençage du génome et assemblage d'un clone infectieux In: 3e édition, Congrès INRS-Institut Armand Frappier 2003, 6-8 novembre 2003, Stoneham.

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Résumé

Le coronavirus humain (HCoV) est un virus enveloppé à ARN monocaténaire de polarité positve dont le génome a la particularité de constituer le plus long ARN connu, soit environ 31 kb. Ce virus est omniprésent dans l'environnement et les sérotypes 229E et OC43 du HCoV ont été associées à environ le tiers des rhumes recensés chez l'être humain. Il a aussi été préalablement démontré que ces deux souches coronavirales possédaient des propriétés neuroinvasives et que la réplication du HCoV-OC43 dans des cellules neurales était plus efficace et possiblement reliée au déclenchement de pathologies du système nerveux.

Le génome entier du HCoV-OC43 a été séquencé afin de nous aider à mener des études qui vont nous permettre de mieux comprendre la biologie du virus et de débuter la construction d'un clone d'ADNc du virus. Le génome du virus mesure 30 713 nuclétides excluant la queue de poly(A) dont la longueur varie entre 29 et 34 bases. Du point de vue nucléotidique, il présente 93% d'identité avec la souche Québec du BCoV, 69% d'identité avec MHV-A59 et 57% d'identité avec la souche SARS-HCoV Tor2. Un isolat clinique du HCoV-OC43 a aussi été séquencé en entier et présente une différence de seulement 6 nucléotides avec la souche prototype provenant de l'ATCC, démontrant la stabilité du génome de ce virus dans l'environnement.

Afin de comprendre davantage les mécanismes biologiques et de pathogenèse du virus, un clone infectieux du HCoV-OC43 est également en assemblage et la stratégie expérimentale ainsi que les résultats s'y rapportant seront présentés. Ce type de construction est très utile puisqu'elle permet d'apporter des modifications sur le génome de l'organisme d'intérêt et d'en étudier les conséquences biologiques. Parmi les stratégies disponibles à l'élaboration du clone, la stratégie consistant à introduire une copie d'ADN du génome d'ARN du virus dans un “bacterial artificial chromosome” (BAC) a été sélectionnée. Pour ce faire, le génome du HCoV-OC43 est d'abord amplifié en plusieurs parties de longueurs variables par RT-PCR et les fragments sont ensuite insérés dans une vecteur de type BAC. D'autres séquences d'ADN sont aussi introduites dans le BAC afin de permettre une transcription adéquate du génome d'ADN en ARN.

Le génome du HCoV-OC43 présente beaucoup d'homologie avec plusieurs autres souches de coronavirus, dont la souche Tor2 du SARS-HCoV, ce qui fait du sérotype OC43 un excellent modèle d'étude pour le SRAS, sans la nécessité de confinement biologique de niveau 3. Les travaux impliquant le clone d'ADNc permettront d'approfondir les connaissances déja acquises sur le comportement du virus en nous permettant notamment d'effectuer des expériences de mutagenèse dirigée et de génétique inverse.

Type de document: Document issu d'une conférence ou d'un atelier
Informations complémentaires: Affiche scientifique
Mots-clés libres: -
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 04 avr. 2018 15:03
Dernière modification: 04 avr. 2018 15:03
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/5997

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