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Étude protéomique de Desulfitobacterium frappieri PCP-1 lors de la déshalogénation du 3,5-dichlorophénol.

Duguay, Marie (2003). Étude protéomique de Desulfitobacterium frappieri PCP-1 lors de la déshalogénation du 3,5-dichlorophénol. Mémoire. Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 163 p.

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Résumé

De toutes les bactéries isolées à ce jour, Desulfitobacterium frappieri PCP-1 est la seule capable d'effectuer la déshalogénation réductrice du pentachlorophénol jusqu'au 3- chlorophénol. Elle peut aussi déshalogéner aux positions ortho, meta et para des molécules aromatiques ayant un groupement hydroxyle, méthoxyle ou aminé. Cette caractéristique particulière est due à la présence d'au moins deux déshalogénases réductrices (1 et II) associées à la membrane. Alors que la déshalogénase 1 est principalement responsable de la déshalogénation en ortho, l'activité de la déshalogénase II est surtout en meta et para. Afin de mieux comprendre le mécanisme de déshalogénation impliquant la déshalogénase II chez D. frappieri PCP-1, une étude protéomique comparative de la souche cultivée en absence et en présence de 3,5-DCP a été effectuée. Pour chaque culture, les protéines cytoplasmiques et membranaires recueillies ont été séparées par électrophorèse en deux dimensions. La déshalogénase II purifiée, ainsi que les protéines induites (57. 54, 53 et 42,5 kDa) et réprimées (31, 36,5 et 42 kDa) par le 3,5-DCP ont été digérés à la trypsine. Les peptides résultants ont été analysés avec un spectromètre de masse de type triple quadripôle et les séquences en acides aminés obtenues ont permis de procéder à l'identification des protéines par comparaison avec les banques de données. Ainsi, il a été déterminé que la déshalogénase II est similaire à plusieurs déshalogénases réductrices PceA. Cette dernière a été retrouvée dans le cytoplasme et la membrane sous différentes isoformes de 57 kDa. Alors que la protéine induite de 53 kDa retrouvée sous trois isoformes dans la membrane serait le précurseur de la grande sous-unité d'une hydrogénase Ni/Fe, la protéine induite de 42,5 kDa, retrouvée dans la membrane sous deux isoformes, serait la petite sous-unité de cette même hydrogénase. Pour ce qui est de la protéine de 54 kDa induite dans le cytoplasme, elle a été identifiée comme étant possiblement une uroporphyrinogène III synthase/ méthyltransférase, et il semble que la protéine cytoplasmique réprimée de 42 kDa soit, quant à elle, une D-3-phosphoglycérate déshydrogénase. Quant aux protéines de 31 et 36,5 kDa dont la répression a été observée autant dans le cytoplasme que dans la membrane, il n'a pas été possible de les identifier.

Type de document: Mémoire
Directeur de mémoire/thèse: Beaudet, Réjean
Co-directeurs de mémoire/thèse: Lépine, François
Mots-clés libres: dehalogenation ; proteomique ; chlorophenol ; spectrometrie ; electrophorese
Centre: Centre INRS-Institut Armand Frappier
Date de dépôt: 13 mai 2014 18:22
Dernière modification: 18 déc. 2015 17:04
URI: http://espace.inrs.ca/id/eprint/2115

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